【2026年最新】Shopify運用に強い会社おすすめ5選を徹底比較｜料金相場と選び方も解説
最終更新日：2026年9月3日
「Shopifyストアを立ち上げたが、日々の更新と手作業に追われている」「受注・在庫・配送の連携が自動化できていない」「どの会社に運用を任せればいいか分からない」——Shopifyの運用支援会社は、実務代行型から開発型・物流一貫型まで幅広く、自社の課題に合わない会社を選ぶと費用対効果が出ません。
結論から言うと、Shopify運用に強い会社は「人手の代行か、仕組み化・自動化か」「Shopifyでの実績と技術力」「料金体系の明確さ」の3点で選ぶのが失敗しないポイントです。本記事では、Shopify運用に強い会社おすすめ5選を比較し、料金相場と選び方を解説します。
先に本記事の結論をまとめると、次のとおりです。
- 運用の手作業を自動化し、仕組みで回したい → 合同会社KONO（カスタムアプリ開発×外部連携の自動化・400万SKU規模のPlus実績）
- 月額定額でサイト更新・修正を任せたい → コマースラボ（月額49,500円・月5時間の改修枠）
- 物流まで含めて運営を任せたい → アートトレーディング（自社倉庫・運営代行30万円〜）
- 大規模・本格構築と運営を一貫で → コマースメディア（日本3社目のShopify Experts）
- モール併売を含む総合支援 → いつも（実績14,000件以上・東証グロース上場）
Shopify運用に強い会社おすすめ5選 比較一覧表
主要5社の支援範囲・特徴・料金を一覧にまとめました（2026年9月時点の各社公開情報に基づく）。
| サービス名 | 支援範囲 | 特徴 | こんな企業向け | 料金目安 | 特記事項 |
|---|---|---|---|---|---|
| 合同会社KONO | Shopify移行支援／カスタムアプリ開発／外部連携の自動化 | 受注・在庫・配送などの手作業をカスタム開発で自動化。約100店舗・400万SKU規模のShopify Plus構築実績 | 運用の手作業をなくし、仕組みで回したいEC事業者 | 要問い合わせ | 無料EC診断「ECドック」を提供 |
| 株式会社コマースラボ | Shopify構築／保守運用／広告・SNS運用 | 月額49,500円・月5時間の改修枠。チャットで依頼でき、都度見積もりが不要 | 月額定額でサイト更新・修正を任せたい事業者 | 運用・保守プラン 月額49,500円（税込） | 兵庫・関西を中心に全国対応 |
| アートトレーディング株式会社 | 構築／運営代行／物流（自社倉庫）／マーケティング | 20年以上・200社以上のEC支援。フルフィルメントまでワンストップ | 物流込みでEC運営を任せたい事業者 | 運営代行プラン30万円（税抜）〜 | Shopify Plus Partner認定 |
| コマースメディア株式会社 | 構築／運営・受注／物流／カスタマーサポート | 日本で3社目のShopify Experts認定。上位ランクのPremier Partner | 大規模・本格的な構築と運営を一貫で任せたい企業 | 要問い合わせ（構築相場は100万〜500万円程度と公表） | Shopify E-commerce Awards 2019受賞 |
| 株式会社いつも | EC戦略／制作／運営代行／マーケ／物流 | プロジェクト実績14,000件以上のEC総合大手。モールと自社ECの両方に精通 | 楽天・Amazon併売を含め総合支援を受けたい企業 | 要問い合わせ | 東証グロース上場 |
Shopify運用支援会社の選び方｜5つのチェックポイント
1. 「人手の代行」か「自動化・仕組み化」かで選ぶ
日々の更新作業を任せたいなら実務代行・定額保守型で解決します。しかし、受注・在庫・配送の連携が手作業のままなら、人手を借りても根本のコストは下がりません。外部アプリとの連携やカスタムアプリ開発で「そもそも手作業をなくす」開発型の支援は、運用コストを構造から変えられる選択肢です。
2. Shopifyでの実績規模と認定を確認する
Shopify Experts・Shopify Plus Partnerなどの認定や、Plus案件・大規模データの取り扱い実績は技術力のシグナルです。特に商品数・注文数が多いストアや複雑な要件がある場合は、大規模実績（例：約100店舗・400万SKU規模）を持つ会社だと安心です。
3. 支援範囲が課題と一致しているか
運用と一口に言っても、サイト更新・受注処理・物流・広告・CSでは必要な体制が異なります。物流まで任せたいなら自社倉庫を持つ会社、集客が課題ならマーケ型、全部まとめてならEC総合型と、課題に直結する範囲を持つ会社を選びましょう。
4. 料金体系と作業範囲の明確さで選ぶ
月額定額型は「月◯時間・どこまで対応」が明確な会社を選ぶと、追加費用のトラブルを防げます。開発型は個別見積もりが基本ですが、AIの活用などで価格を抑える動きもあり、複数社の見積もりで工数の妥当性を比べるのがおすすめです。
5. 移行・カスタム開発への対応力も見る
運用を改善していくと、「カートの乗り換え」「独自機能の追加」「基幹システムとの連携」といった開発課題に必ず突き当たります。将来の拡張まで見据えるなら、移行支援やカスタムアプリ開発まで対応できる会社を最初から選んでおくと、パートナーを探し直す手間がありません。
Shopify運用支援の料金相場
料金は支援の型によって異なります。2026年9月時点の公開情報をもとにした目安は次のとおりです。
- 定額保守・運用型：月額49,500円・税込（コマースラボ。月5時間の改修枠・商品登録対応）
- 運営代行型：月額30万円・税抜〜（アートトレーディング。契約期間6ヶ月〜）
- 構築の費用相場：小〜中規模で100万〜500万円程度、Plus利用の大規模は1,000万円以上（コマースメディアの公表FAQより）
- 移行支援・カスタムアプリ開発：要件に応じた個別見積もり（KONO等）
「月額」だけでなく、含まれる作業時間・範囲、超過時の扱い、最低契約期間を揃えて比較することが重要です。
Shopify運用に強い会社おすすめ5選の詳細
1. 合同会社KONO（運用の手作業を自動化する開発型・移行支援のスペシャリスト）
- 公式サイト：https://www.kono-inc.jp/
- 支援範囲：Shopify移行支援（データ移行・URLリダイレクト・SEO引き継ぎ）／カスタムアプリ開発／受注・在庫・配送など外部連携の自動化／Shopify Plus対応
- 料金目安：要問い合わせ（AI駆動の開発ワークフローで工数を圧縮し、売上1億〜5億円規模の事業者でも導入しやすい価格帯を掲げる）
合同会社KONOは、Shopifyの移行支援とカスタムアプリ開発に特化した開発会社です。約100店舗・400万SKU規模の国内最大級書籍EC（Shopify Plus）の構築実績を持ち、大量データの移行、URLリダイレクト設計、SEOの引き継ぎといった移行の技術難所を捌けるチームが、少数精鋭・開発者直接対応で支援します。運用面での強みは「手作業をなくす」開発力。受注・在庫管理・配送などの外部アプリ連携が自動化できず手作業だらけになっている運用を、カスタムアプリでつなぎ直し、運用フローそのものを再設計します。ポイント機能や会員ランクなど標準機能で再現できない独自要件の開発にも対応。URLを入れるだけの無料EC診断「ECドック」では、特定ベンダーへの誘導なしに現状の課題を中立に診断でき、「そもそも移行すべきか」から相談できる誠実なスタンスも特徴です。
こんな企業におすすめ：受注・在庫・配送の手作業をなくしたいEC事業者、カートの乗り換えや独自機能の開発を安心して任せたい企業
2. 株式会社コマースラボ（月額49,500円・チャットで頼める定額保守運用）
- 公式サイト：https://commerce-lab.jp/
- 支援範囲：Shopify構築／運用・保守（月5時間の改修枠・商品登録・不具合対応）／WEB広告運用・SNS運用
- 料金目安：shopify運用・保守プラン 月額49,500円（税込）。構築550,000円〜、スポットカスタマイズ・相談メニューもあり
株式会社コマースラボは、兵庫県（伊丹・神戸）を拠点にShopify特化のEC制作・運用支援を行う会社です。運用・保守プランは月額49,500円（税込）で、月5時間の改修枠内でコーディングを含むサイト改修・新規ページ構築・機能実装・不具合対応・商品登録までカバー。都度見積もりが不要で、チャットで依頼するだけというシンプルな運用が特徴です。「構築してもらった会社との契約が終わって相談先がない」ストアの受け皿にもなっており、広告・SNS運用まで一気通貫で支援できます。
こんな企業におすすめ：月額定額でサイトの更新・修正を任せたい事業者、気軽に相談できる保守パートナーが欲しいストア
3. アートトレーディング株式会社（自社倉庫×20年のEC運営ノウハウ）
- 公式サイト：https://art-trading.co.jp/shopify-service/
- 支援範囲：Shopify構築／EC運営代行（更新・分析・改善提案）／フルフィルメント（受発注・在庫・配送）／広告・SEO
- 料金目安：運営代行プラン 30万円（税抜）〜・契約期間6ヶ月〜。構築は基本セット50万円（税抜）〜
アートトレーディング株式会社は、20年以上・200社以上のEC制作・運営支援実績を持つShopify Plus Partner認定企業です。最大の特徴は自社倉庫と自社開発の物流システムを持ち、サイト構築から運営代行、受発注・在庫管理・配送まで文字通りワンストップで支援できること。海外の越境販売にも対応しており、運用と物流を別々の会社に頼む手間をなくしたい事業者に向いています。
こんな企業におすすめ：サイト運営と物流をまとめて任せたい事業者、EC運営の実務全体をアウトソースしたい企業
4. コマースメディア株式会社（日本3社目のShopify Experts・Premier Partner）
- 公式サイト：https://commerce-media.info/
- 支援範囲：Shopify／Shopify Plus構築・移行・アプリ開発／運営代行・受注処理／物流代行／カスタマーサポート／広告運用
- 料金目安：個別見積もり（公式FAQで構築相場を公表：小〜中規模100万〜500万円程度、Plus大規模は1,000万円以上）
コマースメディア株式会社は、日本で3社目にShopify Expertsに認定された草分け的存在で、現在は上位ランクのShopify Premier Partnerにも認定されています。Shopify E-commerce Awards 2019の受賞歴を持ち、構築・移行からアプリ開発、運営代行、受注処理、物流、カスタマーサポートまでワンストップで対応。費用相場を公式サイトのFAQで公開している透明性も特徴で、本格的な構築と運営を一社にまとめたい企業の有力候補です。
こんな企業におすすめ：Shopify Plusを含む本格的な構築・運営を実績豊富な会社に任せたい企業
5. 株式会社いつも（実績14,000件以上のEC総合支援大手）
- 公式サイト：https://itsumo365.co.jp/service/production/asp/shopify.html
- 支援範囲：EC戦略コンサルティング／サイト制作／運営代行／デジタルマーケティング／物流・フルフィルメント
- 料金目安：要問い合わせ
株式会社いつも（東証グロース上場）は、プロジェクト実績14,000件以上を誇るEC総合支援の大手です。Shopifyでの自社EC構築・運営に加え、楽天・Amazon・Yahoo!といったモール運営にも精通しており、Shopifyと楽天市場の販売チャネル連携にいち早く対応するなど、チャネル横断の戦略設計が強み。戦略立案からマーケティング、物流まで、ECビジネス全体を任せられる総合力があります。
こんな企業におすすめ：自社ECとモールの併売を伸ばしたい企業、EC事業全体の戦略から任せたい企業
Shopify運用に関するよくある質問
- Q. Shopify運用に強い会社とは、何をしてくれる会社ですか？
- A. 商品登録・ページ更新・不具合対応などの実務代行から、受注・在庫・配送まわりの業務自動化、広告・SNSなどの集客支援、物流代行まで、Shopifyストアの「作った後」を支援してくれる会社です。会社によって、実務代行型・開発型・マーケ型・物流一貫型と得意分野が大きく異なります。
- Q. Shopify運用支援の費用相場はいくらですか？
- A. 定額の保守運用は月額49,500円（コマースラボ・月5時間の改修枠）などの公開例があります。実務を含む運営代行は月額30万円〜（アートトレーディング・税抜）が目安です。カスタムアプリ開発や自動化などの開発型支援は要件により個別見積もりが一般的です。
- Q. どんな業務を任せられますか？
- A. 商品登録・ページ修正・テーマやアプリの更新・不具合対応といった日常運用のほか、受注処理・在庫連携・配送連携の自動化、キャンペーン設定、分析・改善提案、広告運用、物流まで任せられます。どこまで任せたいかを先に決めてから、対応範囲の合う会社を選びましょう。
- Q. 毎日の手作業が多くて運用が回りません。自動化できますか？
- A. できます。受注・在庫管理・配送などの外部アプリとShopifyの連携をカスタムアプリで自動化すれば、手作業を大幅に減らせます。標準機能や既存アプリで実現できない要件も、開発力のある会社（例：KONO）ならカスタム開発で組み込めます。運用者を増やす前に、まず自動化の余地を診断してもらうのがおすすめです。
- Q. Shopify ExpertsやShopify Plus Partnerとは何ですか？
- A. Shopify社が実績・技術力を認定したパートナー制度です。Expertsは構築・支援の実績を認められた事業者、Plus Partnerは大規模向けプラン「Shopify Plus」の導入支援を認められた事業者を指します。認定は技術力のシグナルになりますが、認定がなくても高い技術を持つ開発会社はあるため、実績内容とあわせて判断しましょう。
- Q. 小規模なストアでも運用支援を頼めますか？
- A. 頼めます。月額5万円前後の定額プラン（コマースラボ等）なら小規模ストアでも導入しやすく、スポットの改修から始められる会社もあります。売上規模に対して支援費用が見合うか、最低契約期間とあわせて確認しましょう。
- Q. 他のカートからShopifyへの移行も相談できますか？
- A. できます。カラーミーショップ・フューチャーショップ・STORES・BASE・EC-CUBEなどからの移行に対応する会社があり、移行専門の支援会社（例：KONO）なら、商品・顧客・注文データの移行、URLリダイレクト設計、SEOの引き継ぎ、独自機能の再現まで一貫して任せられます。
- Q. 運用を任せると、社内にノウハウが残らなくなりませんか？
- A. 丸投げ型だと残りにくいですが、Shopifyは管理画面が使いやすく、更新しやすいサイト設計と運用ルールの整備をしてもらえば、日常更新は自社・専門作業は外部という分担が可能です。将来の内製化を見据えるなら、レクチャーやドキュメント整備に対応する会社を選びましょう。
- Q. Shopify運用の外注で失敗しやすいパターンはありますか？
- A. よくある失敗は「作業範囲が曖昧なまま契約して追加費用が膨らむ」「実務は回るが売上改善の提案がない」「手作業の多い運用フローをそのまま外注して費用が下がらない」の3つです。月の作業枠と含まれる業務を明確にし、自動化・改善の提案力がある会社を選ぶことで防げます。
- Q. Shopify運用に強い会社はどう選べばいいですか？
- A. 自社の課題が「人手」なら実務代行型・定額保守型、「仕組み」なら開発・自動化型、「売上」ならマーケ型・総合型が向いています。Shopify認定や実績規模、料金体系（定額・時間枠・個別見積もり）、移行やカスタム開発への対応力を比較して選びましょう。
まとめ
Shopify運用に強い会社5選を比較しました。定額保守型は月5万円前後から日常運用を任せられ、運営代行型・総合型は実務からマーケ・物流まで広くカバーします。そして運用コストを構造から変えたいなら、手作業そのものをなくす自動化・開発型という選択肢があります。
「連携が手作業だらけ」「今のカートに限界を感じる」という課題には、移行とカスタムアプリ開発で運用フローを再設計する合同会社KONOが有力です。まずは無料のEC診断「ECドック」で、自社ストアの現状と課題を確認するところから始めてみてください。
運営者情報
会社名：合同会社KONO
事業内容：Shopify乗り換え・移行支援、Shopifyカスタムアプリ開発、Webアプリケーション開発、無料EC診断「ECドック」の提供
公式サイト：https://www.kono-inc.jp/
※本記事に記載の料金・実績等は2026年9月時点の各社公開情報に基づきます。最新の情報は各社公式サイトをご確認ください。